le jr pass et le metro

Non, comme en France, le train et le métro appartiennent à deux réseaux indépendants. Mais à Tokyo et Osaka il existe une ligne JR circulaire que vous pourrez emprunter avec le pass.

A Tokyo c'est la Yamanote Line : cette ligne circulaire qui dessert les principaux points touristiques de Tokyo est traversée en son centre par la Chuo Line, ligne Est-Ouest, qui est aussi utilisable par les détenteurs du pass. 

A l'intérieur d'Osaka existe une ligne circulaire JR qu'on appelle le "loop".